Ve světě FMA (paralelní odraz naší reality) je Alchymie je věda! Má jasně stanovená pravidla (nejdůležitějším je princip „Ekvivalentního obchodu – Touka Koukan“, v praxi to znamená, že bez toho aniž bys něco daroval, nemůžeš nic na oplátku obdržet). Některá se sice dají porušit, ale přísný trest čeká všechny kdo se o to pokusí…
To na vlastní kůži okusí i bratři Elricové, starší Edward a mladší Alphonse, synové slavného Národního alchymisty (vojenská hodnost) Hohenheima Elrica. Stejně jako ostatní vojenští alchymisté i Hohenheim bojuje na východní frontě v Ishbalu, jenže zničehonic se ztratí neznámo kam. Dlouhé odloučení od manžela, žal a neznámá nemoc se podepíší na zdraví matky obou sourozenců. Trisha Elricová boj s nemocí prohrává a zanechává tak oba sourozence ve velmi mladém věku osamocené napospas světu. Ed a Al jsou však z tuhého těsta. Prosedí u matčina hrobu celý den. Rozhodnou se zasvětit život studiu alchymie a pomocí ní matku oživit…
Bratři si najdou mentora a na několik let o nich v jejich rodné vesnici Rizenbull není ani vidu ani slechu Pak se vracejí. Vracejí se, aby vědomě porušili zákon alchymie, který jasně říká, že lidská transmutace (alchymistická přeměna) je přísně zakázaná a dokonce nebezpečná. Varováním však Ed a Al nekladou žádný důraz, jsou totálně zaslepeni svým cílem. Jedné deštivé noci je vše připraveno: rovnice, transmutační kruh a všechny ingredience. Bratři neváhají ani vteřinu. Ze začátku vše vypadá dobře, ale pak se něco zatraceně pokazilo. Neznámá síla vtahuje Ala do hlubin nicoty, zatímco podivní tvorové trhají Edovi paži a nohu. Al je skoro ztracen. V záchvatu agónie Ed stíhá alespoň zafixovat Alovu duši do starého brnění, poté upadá do bezvědomí.
Ed se probouzí zbrocený krví u tety Pinako a kamáradky Winry, tyto dámy jsou skvělé mechaničky, které se zabývají výrobou ocelových protetických končetin („auto-mail“), kterými nahradí Edovi jeho amputované končetiny (proto získá přezdívku Fullmetal Alchemist). Ještě tentýž den bratry navštíví nadporučík Roy Mustang (známý jako Plamenný alchymista). Toho oba bratři velmi zajímají, neboť jsou to Hohenheimovi synové a přežili neúspěšný pokus o lidskou transmutaci. Nabízí jim možnost podstoupit armádní zkoušky a stát se tak Národními alchymisty. Ed bez váhání přijmá (i když se bude muset stát aportovacím psem armády), protože ví, že v tajných archívech se možná skrývá odpověď. Odpověď na otázku co je a kde sehnat „Kámen Mudrců“ (Harry Potter s tím nemá nic společného .) Bájný artefakt, který prý umožňuje obejít pravidla alchymie.